孕酮並沒有什麼時候吃最好的說法，臨牀往往因爲不同的原因而服用孕酮，採用孕酮的時間和使用孕酮的天數也有所不同，具體使用方法應在醫生的指導下進行。
在臨牀上孕酮可以治療由於孕激素不足導致的月經週期縮短，以及月經週期紊亂、月經後半期出現出血，都可以用孕酮治療，這種情況建議在排卵之後口服。如果孕酮是用來治療不孕不育，在臨牀上由於孕激素不足會導致不孕的現象發生，建議也在排卵之後口服。而在懷孕期間使用孕酮是爲保胎治療，一般是在有腹痛且陰道出血表現比較輕微，也就是先兆臨產時開始服用。
服用孕酮期間患者必須要多休息，且要多注意自己的衛生，養成較好的衛生習慣。長期用藥需注意檢查肝功能，特別注意乳房檢查。
