阿卡波糖長期可能對身體有害。
阿卡波糖屬於降糖類藥物，可以延長小腸對葡萄糖的吸收，幫助降低餐後血糖，比較適用於配合飲食控制以及治療糖尿病，同時也比較適合降低糖耐量減低的患者的餐後血糖。但是，服用藥物以後可能會導致患者出現腸胃脹氣、腸鳴音以及腹瀉、腹脹等副作用。如果在服用藥物期間沒有對飲食進行控制，出現胃腸道副作用的症狀就會加重。如果患者服用藥物以後，出現以上現象就不建議長期服用，防止對身體健康產生危害，可以在醫生的指導下，使用其他降糖藥物將血糖控制在正常範圍，常用藥物包括伏格列波糖、米格列醇等。
阿卡波糖在使用時，如果患者有明顯的消化，以及吸收障礙的慢性胃腸功能紊亂，以及患有嚴重腎功能損壞和對該藥物的成分過敏的患者，要禁止使用。
