儘管我國菸草業所帶來的利稅十分豐盛，但吸菸導致的社會經濟損失也十分巨大。例如，2005年菸草產業利稅總額爲2400億元人民幣，相當於當年GDP的1.30%，但是因吸菸引起的直接和間接成本保守估計高達2526億，相當於當年GDP的1.37%,其經濟淨效益爲負值，約爲126億元。到2010年，菸草產業所帶來的社會負效益擴大到618億元。這表明，因吸菸造成的人力資本損失和經濟損失已經超過了利稅總額。除了經濟淨損失之外，如果要從難以計算的社會淨損失來看，會更大。菸草的危害勝過霧霾，根據“2010年全球疾病負擔研究”的結果，2010年造成疾病負擔的前五位危險因素依次爲不健康飲食習慣、高血壓、吸菸、環境空氣污染和室內空氣污染。因此，菸草產業一家獨榮，全社會受損，突出表現爲3億菸民以及7億二手菸受害者，已成爲中國經濟社會最大的“健康危害型”產業，不是要做強做大，而是衆矢之的，必須大做減法，全面調整、限制、壓縮我國菸草需求與供給總量。從世界最大的菸草生產國、消費國轉變爲世界最大的全面控煙國。
專家建議，中國應實施“全面控煙”戰略，在加強需求側控煙的同時，從供給側推動菸草產業轉型，從而壓縮這一中國最大的“健康危害型”產業。菸草行業雖然對於財政和就業有着一定的貢獻，但隨着我國經濟總量的增加，其在國民經濟中的地位是不斷下降的。以控煙爲導向實現菸草產業轉型是一件“功在當代，利在千秋”的和諧創舉。作爲全球最大的菸草生產國和消費國，中國菸草產業的轉型實踐與經驗將爲其他國家提供示範，中國控煙成功與否將在很大程度上決定全球控煙的成敗。課題組研究認爲，通過合理的政策設計和漸進式的轉型推進方式，完全可以實現菸草產業的轉產轉型，最大限度的減少控煙對經濟的不利影響。爲此，課題組設計了菸草產業轉型的“三步走”方案，分三步減少菸葉種植面積、壓縮產能、促進人員轉產分流，實現產業的平穩轉型。配套的政策包括推進菸草行業管理體制改革，出臺綜合的產業調控政策，實施補貼和轉產政策，建立轉型進展的評估機制以及嚴格執行各項控煙政策等。其中特別是建議實現政企分開，破除部門利益;建立“菸草產業轉型專項基金”，用於解決菸草產業轉型過程中遇到的重點難點問題;對於轉業菸農、轉產工人和地方政府給予財政補貼和稅收優惠政策等。
