益生菌在腸道內能形成生物屏障，排斥和抑制有害細菌，產生對人體有益的物質，促進消化吸收與腸蠕動，增強人體免疫力。
益生菌通過在腸道佔位爭奪排擠有害菌，產生的有機酸、過氧化氫和細菌，可以阻止有害菌生長繁殖，起到屏幕作用。
益生菌可調節機體免疫系統，可增強腸道固有免疫，促進腸道粘膜分泌相關的細胞因子和抗體，對維持寶寶腸道免疫平衡氣道了一定作用。
益生菌能產生乳糖酶幫助寶寶消化乳糖，減緩乳糖不耐受症所造成的腹脹、返氣和腹痛。分解乳糖產生的乳酸，可以促進寶寶體內對鈣、鐵、磷、鋅、維生素D的吸收，同時產生維生素B、維生素K等營養物質。
益生菌作爲細菌可調節腸道粘膜淋巴組織的發育，從而減少過敏性疾病的發生。比如益生菌可以使有些寶寶對牛奶過敏的症狀減輕，使腹瀉得到糾正。
益生菌能和奶粉一起衝，只要水溫不要太高就可以了。益生菌的活性會隨着溫度升高而提升並進入發酵過程，長時間常溫保存容易造成產品口味變化。當溫度超過60℃時，益生菌會進入衰亡階段。因此，益生菌產品最好是在冷藏條件下取出後直接食用，避免高溫加熱。平時衝奶粉的時候都會使用溫開水衝調，很多人認爲益生菌和奶粉一起用開水沖服的話，會使益生菌損失菌的活性，失掉調理腸道的效果。可是我們平時衝奶粉的溫度也不能過高，可以等到奶粉溫度降到40℃以下的時候再放入益生菌，這樣就不會影響益生菌的活性了。
