長期服用吸入藥一般不會造成明顯的副作用，少部分患者會出現口腔潰瘍等不適，所以吸入後注意及時漱口。另外，常用的吸入類藥物包括白三烯受體拮抗劑和糖皮質激素，長期吸入白三烯受體拮抗劑部分患者會出現煩躁、皮疹等副作用；長期吸入糖皮質激素可能會出現骨質疏鬆等副作用。
1、白三烯受體拮抗劑
如孟魯司特等，部分患者可出現煩躁、皮疹、胃腸道不適症狀、肝功能異常、頭暈嗜睡等副作用，但並不是因長期用藥而引起。
2、糖皮質激素
可長期服用，但僅應用於5級治療的患者，即經過各種吸入治療，均未能控制哮喘的患者。長期服用糖皮質激素需要經過專業醫生評估，因長期服用激素有很多的副作用，如骨質疏鬆、白內障、高血壓、聲音嘶啞、口腔真菌感染等。
建議患者吸入糖皮激素後，立即刷牙、漱口，清除口腔中殘存的藥物，以減少不良反應。
