建立和完善新型農村合作醫療保險(以下簡稱“新農合”)制度，對於農村居民增強抵禦疾病風險能力、促進農村經濟發展和社會和諧具有重要意義。近年來，我國新農合制度建設取得了巨大成就，但仍面臨許多問題。進一步加強制度建設，讓新農合運轉更高效，應學習借鑑國際經驗，注重研究解決以下幾個問題。
避免醫療費用惡性膨脹。我國醫療費用結算體系以“委託-代理”模式爲基礎，實行醫患之外的第三方付費。在“委託-代理”模式下，容易產生逆向選擇和道德風險，中間環節可能出現弄虛作假和尋租等現象，致使醫療費用和管理成本虛高。在這方面，美國的“健康維持組織”集費用提供者和醫療服務提供者於一體，同時深入社區對居民進行健康教育，通過醫學預防促進醫療資源優化。泰國的基層醫療保健制度實行鄉村衛生一體化，通過醫療系統優化控制醫療費用增長。我國新農合制度在實施中，應發揮鄉村醫療機構的基礎性作用，建立以縣爲主體的衛生網絡系統，並輔之以“雙向轉診制度”。在費用控制方面，需注重醫療費用報銷、覈算、結賬等環節的標準化和信息化建設，避免重複檢查、不合理用藥等現象。在治理環節，提高藥價透明度，減少藥品流通環節;促進定點醫療機構良性競爭，通過多方參與、共同監督緩解醫藥費用虛高問題。
建立多層次醫療保障體系。正如諾貝爾經濟學獎獲得者阿馬蒂亞·森所言，一個社會或一項制度的發展是以能夠提供更多自由和選擇爲前提和標準的。我國新農合制度應考慮農村參保居民多方面的需求，提供自由選擇的空間，更加註重製度設計的人性化，以吸引更多居民參保。從國外情況看，日本醫療保險制度細分了90多個險種，在多層次的框架下滿足不同人羣的需要。在我國，受限於城鄉二元的經濟社會背景，城鎮基本醫療保險和新農合的制度設計有所不同，醫療保障水平也存在較大差距。借鑑發達國家經驗，研究推進城鄉居民醫療保險的制度銜接和多層次發展，具有重要意義。
提供充分的財力保障。醫療保險制度是重要的社會安全網，也是社會公平和收入再分配的重要實現途徑。發達國家的醫療保險制度無論採用何種模式，政府財政支持都起到了舉足輕重的作用。目前，我國新農合制度由基層政府負責實施。應促進中央財政和省級財政轉移支付制度有效銜接，做到專款專用;同時，積極整合社會資源，堅持多方籌資和共同參與，堅持農村居民個人繳費、集體扶持和社會捐助相結合。此外，應因地制宜，重點解決各地常見病、多發病的預防和治療問題，全面提高資金使用效率。制定門診補償和二次補償機制，對於因患大病而陷入困境的家庭進行二次補助，更加高效合理地使用合作醫療基金。
努力解決信息不對稱問題。應在促使羣衆轉變觀念、增強自我保健和互助共濟意識的同時，消除農村居民參加新農合的顧慮。可以藉助媒體宣傳，幫助農村居民瞭解報銷程序、報銷比例、報銷範圍等信息。建立健全監管制度，定期公佈收支賬目，提高透明度;設立公示欄對醫療機構的藥價和收費等進行公示，定期對縣鄉定點醫療機構進行檢查。完善相關法律法規，協調和規範各方主體的行爲。日本的醫療保障制度之所以比較成功，不僅得益於其較強的經濟實力，更與其法律體系較爲完善有密切關係。我國急需在社會保險法的框架下細化和健全醫療保障法律制度，進一步規範各方主體的行爲，明確其權利和義務。
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