初乳最引人注目之處在於它具有獨特生理功能，其所含的蛋白質多數爲免疫球蛋白，能夠形成抗體，提高人體的免疫力，但是由於成分複雜，激素含量高於普通奶粉，家長擔心小孩吃牛初乳會有副作用。那麼牛初乳有副作用嗎？
存在安全隱患。
牛初乳蛋白質含量豐富，營養價值高，能增強體質，促進生長髮育，但是屬於生理異常乳，存在一些不確定的安全隱患。對於身體各器官、系統發育不完善的幼兒來說，過量服用確實可能出現一些副作用。
幼兒脾胃虛弱，牛初乳產品多是採用低溫噴霧技術生產的噴乾粉，這種技術生產的牛初乳粉，活性低，一些免疫球蛋白失去活性就成爲普通的蛋白質了，不容易被寶寶消化吸收，就會出現上火的症狀。
寶寶喝牛初乳拉肚子，其主要原因也是腸胃發育不完善，大分子的蛋白質無法消化吸收導致的。所以6個月以下的寶寶最好不要吃添加了牛初乳的奶粉。
相比於普通牛奶，牛初乳的泌乳素的含量大約高4倍，生長激素的含量大約高10倍，促性腺激素大約高1倍。如此高標準的激素含量，如果過量吃的話，確實可能影響孩子正常的生長髮育，導致孩子性早熟。
2012年4月，衛生部表示，嬰兒奶粉將禁添牛初乳，該新規將於2012年9月1日起執行。
2012年4月19日，衛生部網站就嬰幼兒配方食品不得添加牛初乳一事作出解釋。專家稱，牛初乳是乳牛產崽後7天之內的乳汁，屬於生理異常乳，其物理性質、成分與常乳差別很大，產量低，工業化收集較困難，質量不穩定，不適合用於加工嬰幼兒配方食品。
2012年8月13日，衛生部明確牛初乳禁令範圍。衛生部在例行新聞發佈會談及“牛初乳禁令”時表示，牛初乳禁令是指嬰幼兒配方食品不得添加牛初乳，其他食品可以添加使用牛初乳。
