睡一覺起來胸腔疼不能深呼吸可能是因爲肌肉扭傷、胸膜炎、心肌炎等原因引起，可通過一般治療、使用藥物等方法改善。具體分析如下：
1、肌肉扭傷
如果劇烈運動容易導致胸部肌肉受損，引起肌肉痙攣疼痛症狀。可對局部進行熱敷，加速血液循環。如果局部疼痛，症狀比較嚴重，患者可在醫生的指導下使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物止痛。
2、胸膜炎
胸膜炎屬於常見疾病，胸膜是覆蓋在肺部和胸壁上的薄膜，當其發生炎症時，炎性分泌物刺激胸膜部位黏膜，引起呼吸困難、刺痛等症狀。患者可在醫生的指導下使用異煙肼片、利福平片等藥物改善症狀。
3、心肌炎
心肌炎是指心肌受到炎症的影響而發生的疾病，心肌受到炎症侵襲，導致血管痙攣或炎症反應，引起劇烈疼痛、呼吸困難等症狀。患者可在醫生的指導下使用門冬氨酸鉀鎂片、鹽酸普羅帕酮片
除以上原因以外，還有可能是因爲慢性肺炎、冠狀動脈粥樣硬化性心臟病、心肌梗死等原因導致，有些疾病需要進行手術治療。如出現局部異常症狀，應及時就醫進行診斷和治療。
