一、診斷作用
人體有病時就會在腧穴上有所反應而做爲鍼灸臨牀診斷的依據。如胃腸疾患的人常在足三裏、地機等穴出現過敏壓痛，有時並可在五至八胸椎附近觸到軟性異物；患有肺臟疾患的人，常在肺俞、中府等穴有壓痛、過敏及皮下結節。
因此，臨牀上常用指壓背俞穴、募穴、郄穴、原穴的方法，察其腧穴的壓痛、過敏、腫脹、硬結、涼、熱，以及局部肌肉的隆起，凹陷堅實虛軟程度，皮膚的色澤、瘀點、丘疹、脫屑等來協助診斷。
近來，在利用腧穴協助診斷方面又有新的發展，如耳廓中耳穴的測定，對原穴用導電量的測定，對十二井穴用知熱感度的測定等等。通過儀器對這些腧穴的測定，可以在一定程度上反應經絡、臟腑、組織器官的病變，爲協助診斷增添了新的內容。
二、治療作用
①近治作用
這是一切腧穴主治作用所具有的共同特點。這些腧穴均能治療該穴所在部位及鄰近組織、器官的病症。如眼區的睛明、承泣、四白、瞳子髎，均能治療眼病；耳區的聽宮、聽會、耳門、翳風諸穴，皆能治療耳病；胃部的中脘、建裏、樑門諸穴，皆能治療胃病等。
②遠治作用
這是十四經腧穴主治作用的基本規律。在十四經腧穴中，尤其是十二經脈在四肢肘、膝關節以下的腧穴，則不僅能治療局部病症，而且還可以治療本經循行所及的遠隔部位的臟腑、組織、器官的病症，有的甚至具有影響全身的作用。例如：合谷穴不僅能治療手腕部病症，而且還能治療頸部和頭面部病症，同時，還能治療外感病的發熱；足三裏穴不僅能治療下肢病症，而且對調整整個消化系統的功能，甚至對人體防衛、免疫反應方面都具有很大的作用。
③特殊作用
臨牀實踐證明，針刺某些腧穴，對機體的不同狀態可引起雙向的良性調整作用。例如：泄瀉時，針刺天樞能止瀉；便祕時，針刺天樞又能通便。此外，腧穴的治療作用還具有相對的特異性，如大椎退熱，至陰矯正胎位等，均是其特殊的治療作用。
