大約23％到45％的潰瘍性結腸炎患者最終需要手術治療。這些潰瘍性結腸炎的患者有選擇是否手術的機會，但對於出現併發症的患者，手術是不可避免的。
首先是擇期手術的原因，一些患者決定進行手術是因爲他們不能夠繼續忍受疾病的症狀，或者他們對常規的藥物治療沒有反應。還有一些人遭受了許多的藥物副反應。還有一些已患結直腸癌，這些可以選擇擇期手術。
再就是有要急診手術的情況 ，如突發、嚴重的潰瘍性結腸炎，而且藥物、甚至靜脈輸注激素均不能制症狀。還有包括不能控制的結腸出血（比較罕見）和中毒性巨結腸、結腸穿孔等併發症是需要急診手術的。
