由於雌、孕激素水平週期性的變化，在月經週期中，女性生殖系統，如陰道粘膜、子宮頸粘液、輸卵管及乳腺也會出現週期性變化。
排卵前，在雌激素作用下陰道上皮細胞增生，使上皮厚度增加，表層細胞逐漸角化。細胞內所含的糖元在陰道桿菌作用下轉變爲乳酸，使陰道呈酸性環境，有效地預防了細菌繁殖或侵入子宮。排卵後，陰道上皮在孕激素作用下發生大量脫落。因此臨牀上常根據陰道脫落細胞的變化情況來了解卵巢功能是否正常。
月經剛淨後，體內激素水平相對處於低潮，此時子宮頸管分泌的粘液量也相對很少。隨着卵巢中卵泡的快速生長，分泌了大蛩雌激素，使體內雌激素水平處於一個相對髙的水平，此時宮頸粘液分泌量也隨之增加，且質稀薄而透明，並在排卵期達高峯，此時粘液乾燥後在低倍顯微鏡下可見羊齒植物葉狀結晶。排卵後，受孕激素影響，粘液童減少，且粘稠而混濁，延展性差，易斷裂。宮頸粘液在月經週期第22天完全消失，代之的是排列成行的橢圓體。
在排卵期，輸卵管粘膜充血肥厚，傘部平滑肌收縮，有利於卵子進入輸卵管，同時在孕酮作用下，由於纖毛運動和肌層收縮，將卵子向子宮推進。
排卵前期，乳腺組織受雌激素的影響，出現了增生性變化，如乳房增大，緊張而堅實，甚至有脹痛和腫塊觸及。排卵期後，由於黃體形成，乳腺由增生期逐漸轉人分泌期，當黃體萎縮，雌、孕激素分泌下降導致月經來潮後，乳腺出現復舊性變化，如乳房變小變軟，脹痛消失。
