含氟牙膏可能會引起齲齒，降低牙齒的抗酸能力。
氟進入機體後主要在骨骼和牙齒上形成一層保護膜，可防止牙齒在生長髮育過程中由於各種原因導致的齲齒。齲病治療需要在醫生指導下用氟封閉劑、氟化合物、複合樹脂充填劑進行治療。當氟與鈣結合成氟化鈣後，就會降低牙齒的抗酸能力，如果不小心吃了酸性食物會有痠痛感，甚至導致牙酸骨痛，因爲牙組織中的酸蝕牙釉質不能抵禦外界食物中的酸，最終導致酸蝕牙骨質。可以用牙縫刷、紗布等清潔牙齒表面，避免吃酸性食物，定期到醫院檢查牙齒等。
除此之外，如果長期過量使用含氟牙膏，可能會引起氟中毒，從而損害神經系統，引發骨質疏鬆症等。主要表現爲腰腿痛、骨關節疼痛而僵直、骨骼變形及脊神經根受壓迫，伴有下肢骨骼肌損害，出現肌肉萎縮，不利於身體健康。
