新生兒心臟房間隔缺損5mm有一定自愈的可能，可以暫時觀察，如果到兩歲以後沒有恢復一般不能自愈，可以等到年齡較大時通過介入或者手術治療。
新生兒心臟房間隔缺損發生以後，由於心房水平的分流壓差會比較小，所以自愈的可能性會比較大。新生兒心臟房間缺損在5mm，一般說明缺損面積較小，有一定機率可以自愈，患者可以暫時觀察，不用過於擔心。如果新生兒到兩歲左右，缺房間隔缺損的現象沒有恢復，則自愈的機率會很小，此時可以在新生兒年紀較大的時候通過手術，或者介入等方法進行治療，達到臨牀治癒的目的。
如果新生兒心臟房間隔缺損的面積比較大，尤其是1cm以上，一般自愈的機率極低，可能會導致新生兒出現心臟功能不好的現象，需要儘早手術治療。
