新冠病毒檢測陰性但是發燒了可能是由於檢測假陰性、病毒性感冒、急性胃腸炎等原因導致的，需要進一步排查，儘早在醫生的指導下進行鍼對性治療。
1、檢測假陰性
新冠病毒檢測陰性但是發燒了可能是新冠抗原檢測結果不準確，檢測不規範導致的假陰性，建議到醫院再次進行單人單管檢測，確診新冠後，積極進行對症治療，可以遵醫囑應用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物來緩解發熱症狀。
2、病毒性感冒
新冠病毒檢測陰性但是發燒了還可能是出現病毒性感冒引起的發燒，可以遵醫囑服用解熱鎮痛類藥物治療，同時配合緩解感冒的藥物如 雙氯芬酸鈉、複方阿司匹林等。
3、急性胃腸炎
新冠病毒檢測陰性但是發燒了還可能是因爲近期進食不潔食物導致急性腸胃炎的發作，引發人身體出現發燒的情況。一般需要遵醫囑,應用抗感染的藥物，比如左氧氟沙星、腸炎靈等，要注意禁食辛辣刺激性的食物，多喝水，吃清淡易消化的食物。
除此之外，扁桃體炎、中耳炎、淋巴瘤等疾病都會導致發燒，在新冠病毒流行期間，要注意做好相關預防措施，可以通過提高自身機體免疫力、切斷傳播途徑、避免接觸傳染源，預防新冠病毒的感染。
