雞肉：通過微波爐加熱雞肉會有較大問題，因爲微波爐不能均勻加熱，所以部分區域會先被加熱。雞肉的蛋白質密度也比其他紅肉高，所以在再次加熱時，若蛋白質分解不一致，會引起腸胃不適。所以，爲確保加熱均勻，應經常翻轉雞肉。
米飯：米飯的儲存比二次加熱更重要。如果只是在室溫下儲存，就很容易造成細菌繁殖導致毒素產生並令人嘔吐或腹瀉，即使是二次加熱也無法消除毒素的。
土豆：土豆也一樣要注意儲存，否則容易造成細菌大量繁殖。如果把土豆儲存在室溫下，尤其是用錫紙中組個氧氣時，容易滋生肉毒桿菌。即使二次加熱也是無法殺菌的，所以需要冷藏儲存。
蘑菇：蘑菇的蛋白質很容易被酶和其他微生物破壞，所以儲存方式出錯的話，再次加熱會造成腸胃不適。但如果儲存在冰箱裏小於24小時，再次加熱至70度以上來食用也是可以的。
菠菜和其他葉菜：由於生長環境的影響，菠菜和其他葉菜或含有較高的硝酸鹽濃度。雖然硝酸鹽並無害，但能轉變成致癌物亞硝胺。亞硝胺會影響血液攜帶氧氣的能力，影響幼童健康。所以，建議不要二次加熱菠菜。
有些人認爲用微波爐加熱食物會致癌，真的是這樣嗎？
專家批駁說這一條根本不成立，並且解釋說：微波爐加熱的原理，只是物理加熱，這種加熱方式本身讓食物從內到外變熱，但不會讓食物產生化學變化，是通過微波輻射來引起食物內分子間的摩擦、震盪，產生熱量。舉個簡單的例子，兩個手掌在一起不斷的摩擦就會產生熱量，微波加熱就是使得食物分子之間產生內摩擦，因而產生熱量，微波爐的熱量就是這樣產生的。因此，微波爐加熱，也就不會產生所謂的致癌物。
但是專家也說了，微波爐若使用不當，比如用了不鏽鋼、塑料碗或其他並不適用於微波爐使用的容器來加熱食物，則有可能因爲材料不當而產生致癌物，但是這不是微波爐的問題，不應該把責任歸咎於微波爐。
