疫苗接種是針對某個病原體，比如病毒或細菌，而某些癌症的發生與某些病毒和細菌感染相關。目前證據較充足的主要是乙型肝炎病毒(HBV)和丙型肝炎病毒(HCV)與原發性肝細胞癌、人乳頭狀瘤病毒(HPV)與宮頸癌、幽門螺桿菌與胃癌等。預防這類與病毒和細菌感染相關的癌症，可以從預防這些病毒和細菌的感染着手。
肝癌接種乙肝疫苗，預防乙型肝炎病毒感染，從而預防原發性肝癌。慢性乙型肝癌是原發性肝癌的主要危險因素，預防乙型肝炎病毒感染是肝癌最有效的預防措施之—，而預防乙型病毒感染最重要的措施就是進行乙肝疫苗接種。除了疫苗接種，做好個人衛生防護，減少不必要的輸血、避免不潔注射也很重要。
宮頸癌接種HPV疫苗，預防人乳頭狀瘤病毒感染，從而預防宮頸癌。人乳頭狀瘤病毒(HPV)疫苗，也就是大家熟知的宮頸癌疫苗，國內去年也已上市，可用於宮頸癌的預防，推薦適齡女性進行接種。女性在開始性行爲前接種HPV疫苗是宮頸癌預防的重要措施。不過要注意的是，HPV疫苗對已經存在的HPV感染以及HPV感染相關疾病並沒有治療作用，也就是說，它是預防性疫苗，可不是治療性疫苗，不是用來治宮頸癌的。另外，接種疫苗也不是萬能的，並不是說接種了疫苗就肯定不會得宮頸癌，因爲宮頸癌疫苗也只是針對部分HPV亞型，並不能預防所有的HPV病毒類型，不管有沒有接種過HPV疫苗，都應該要定期接受宮頸癌篩查。預防HPV感染，除了接種疫功地，做好個人防護也很重要，要避免不潔的性生活，遠離不安全性行爲，固定性伴侶，勿亂性。
胃癌清除胃幽門螺桿菌(Hp)感染，必要時接種疫苗，從而預防胃癌。Hp感染率其實是非常高的，並不是所有感染Hp的人都一定會治療，一般建議有症狀的人，比如有胃部不適、胃炎、胃潰瘍的人，建議進行幽門螺桿菌檢測，視情況進行規範的抗幽門螺桿菌治療。
在2015年，第三軍醫大學研發出世界首個Hp疫苗，正在進行臨牀研究，是一種口服的重組幽門螺桿菌疫苗，研究結果提示這種疫苗具有良好的安全性和免疫原性，能有效降低由該菌感染引起的胃炎、胃及十二指腸潰瘍及胃癌發病率，如果正式上市，這將對預防幽門螺桿菌所致的胃癌具有重要價值。
