菌痢也就是細菌性痢疾，是由痢疾桿菌引起的一種腸道傳染病。針對菌痢的病原學治療就是應用抗生素，抗生素的選擇應該根據藥敏試驗和糞便培養的結果進行，在沒有拿到結果之前，常用的藥物包括幾種：
第一、喹諾酮類的藥物，具有抗菌譜廣、口服吸收好、不良反應小、耐藥菌株相對比較少的特點，可以作爲首選藥物，首選環丙沙星、左氧氟沙星等。
第二、二線用藥，比如匹美西林、頭孢曲松也可以應用，阿奇黴素可用於治療成人。
第三、小檗鹼，也就是黃連素，因爲具有減少腸道分泌的作用，所以在使用抗生素的時候可以同時使用。除了抗生素治療之外，患者要隔離，注意休息，注意飲食，如果出現脫水、高熱、症狀明顯、腹痛劇烈的患者要對症處理。
拓展
細菌性痢疾（bacillary dysentery）簡稱菌痢，亦稱爲志賀菌病（shigellosis），是志賀菌屬（痢疾桿菌）引起的腸道傳染病。志賀菌經消化道感染人體後，引起結腸黏膜的炎症和潰瘍，並釋放毒素入血。臨牀表現主要有發熱、腹痛、腹瀉、裏急後重、黏液膿血便，同時伴有全身毒血癥症狀，嚴重者可引發感染性休克和（或）中毒性腦病。
菌痢常年散發，夏秋多見，是我國的常見病、多發病。兒童和青壯年是高發人羣。本病有有效的抗菌藥治療，治癒率高。療效欠佳或轉爲慢性者，可能是未經及時正規治療、使用藥物不當或耐藥菌株感染。
