引起胎兒先天性心臟病的原因特別多，可以分爲三類：
第一是母體方面的原因有可能引起先天性心臟病。
第二就是胚胎自身發育的問題。第三外部環境而造成的，比如X線的輻射等等，都會導致孩子的胚胎髮育發生異常而出現先天性心臟病。先天性心臟病有簡單的先天性心臟病，也有複雜性先天性心臟病，簡單的先天性心臟病，一般包括室間隔缺損、房間隔缺損、動脈導管未閉、肺動脈瓣狹窄等等。
先天性心臟病的複雜的主要是四聯症、單心室、心室雙出口等等。大部分先天性心臟病是單獨發生的，但是有一部分是合併染色體異常的，所以在胎兒時期要進行全面的檢查以排除胎兒染色體的異常。
