卵巢囊腫的治療方式取決於它的性質，一般來說，如果囊腫直徑小於5釐米，又沒有確切根據證明是腫瘤的話，這種多爲功能性囊腫，可以隨時注意變化，兩到三個月檢查一次，再根據情況調整檢查間隔時間，日常養成良好的生活習慣和飲食習慣;如果囊腫直徑大於5釐米，則多爲卵巢囊腫，一般需要進行手術治療。
有的患者治療卵巢囊腫之後一直不見完全康復，主要是由於人的體液是酸化的，酸性體液不改變，囊腫就不會完全消除掉，要徹底治癒卵巢囊腫的話，就要改善酸性體質，多吃鹼性食物，同時多補充身體所需的營養物質，這樣纔能有效消滅體內的變異細胞，恢復自身免疫力。
卵巢囊腫患者日常應該堅持低脂肪飲食並保證足夠的營養，瘦肉、雞肉、雞蛋、鵪鶉蛋、豆腐等高蛋白、低脂肪、低膽固醇食物是不錯的選擇；
吃甲魚、海帶、紫菜、牡蠣等海產品可涼血活血、軟堅散結，促進囊腫的吸收；
吃富含纖維素、微量元素及維生素類食品，如白菜、蘆筍、芹菜、菠菜、黃瓜、冬瓜、水果等，增強抗病能力。
如果是良性囊腫的話，年輕患者尤其是絕經前患者多採用卵巢囊腫切除術，而且會盡可能保留正常的卵巢組織。
年齡較大的患者，或絕經後的患者，可以進行一側或雙側輸卵管卵巢切除術，切除的時候應該以完整切除爲宜，術中要注意腹壓快速變化引起患者脈搏、呼吸、血壓的變動，必要時加速輸液或輸血，輸氧，更要預防早期發現急性胃擴張，麻痹性腸梗阻以及由此而引起的水，電解質平衡失調等。
卵巢囊腫的治療方式取決於它的性質，一般來說，如果囊腫直徑小於5釐米，又沒有確切根據證明是腫瘤的話，這種多爲功能性囊腫，可以隨時注意變化，兩到三個月檢查一次，再根據情況調整檢查間隔時間，日常養成良好的生活習慣和飲食習慣;如果囊腫直徑大於5釐米，則多爲卵巢囊腫，一般需要進行手術治療。
如果卵巢囊腫已經接近晚期，就要儘可能切除原發囊腫及所能見到的盆腔、腹腔轉移竈。由於卵巢惡性囊腫常與子宮，附件粘連或浸潤且緊貼盆腹膜，因此現在多采取卷地毯式將子宮與腫瘤連同盆腹膜整塊切除，如大網膜切除，部分腸切除，部分膀胱，輸尿管切除。
