事後緊急避孕藥一般都是濃度較高的雌孕激素合劑，使用之後可以會引起月經紊亂、月經量過多、陰道不規則流血、乳房脹痛、頭痛以及遠期的影響。女性本身的月經以及子宮內膜的厚度都是受激素控制的，如果在排卵期發生性生活，需要緊急避孕，在口服避孕藥之後，除了達到避孕的效果之外，過高的激素水平還會有可能影響子宮內膜的厚度。
當激素水平被體內代謝之後，激素水平逐漸下降，可以出現激素撤退性出血。另外，如果平時月經就是不規律的女性，口服緊急避孕藥之後，有可能引起月經推遲甚至短時間的閉經，孕激素水平變化有可能引起女性乳房脹痛、頭痛等。
