治療腎結石的藥物主要是枸櫞酸鉀鈉、氫氯噻嗪、別嘌醇、坦索羅辛。腎結石按種類上來說大致分成三大類，也就是含鈣的結石、尿酸結石和胱氨酸結石，所以用的藥物也不太一樣。但並不是所有的結石藥物都有用，單純的服藥效果比較差的只能依賴於體外衝擊波碎石。
其中枸櫞酸鉀鈉、氫氯噻嗪對於含鈣的結石治療效果比較好；別嘌醇能抑制尿酸的產生，所以它對於尿酸性的結石治療效果比較好；枸櫞酸鉀和硫普羅寧具有鹼化尿液的作用，所以它對胱氨酸結石治療效果比較好；上面還提到了一個藥物叫坦索羅辛，它有舒展輸尿管平滑肌的作用，有助於排石。對於有腎結石而且不想碎石或者不想手術治療的病人，完全可以應用排石藥物先進行觀察治療。
