在臨牀上，肛周膿腫破潰了，首先要給予抗感染治療，而且最好根據患者的肛周膿腫的膿液細菌培養加藥敏試驗結果，進行恰當的抗感染治療，而且要足量、全程。在積極的抗感染治療的同時，要做好術前的檢查及準備，排除相關的手術禁忌症。
如果患者的肛周膿腫破潰了，說明患者的肛周膿腫比較大，而且可能位置比較深，要對患者進行手術治療。
手術的方式通常選用的是肛周膿腫切開引流術，加上掛線術，一方面解決了肛周膿腫的引流問題；另一方面也能預防肛周膿腫術後形成肛瘻的問題。而且，術後患者還要繼續加強抗感染治療，並且要對患者創面加強換藥，而且保持引流通暢，患者的創面癒合才能良好。
