新生兒卡介疫苗主要是預防結核病，也可以用於預防小兒感冒。另外，在臨牀上應用卡介疫苗也可以治療哮喘性支氣管炎，以及作爲腫瘤的輔助治療。
新生兒出生後，由於機體免疫能力較差，建議在出生24~48小時內接種卡介疫苗，有助於刺激機體產生有效的抗體，增加抗體抵抗力，預防結核病的發生。接種疫苗後局部會出現紅腫現象，這屬於正常的接種疫苗反應，通常在接種8~12周後結痂。如果出現化膿，形成小潰瘍，或者腋下發生淋巴結腫大現象，建議保持局部皮膚清潔衛生，不可以切開引流，在醫生的指導下積極治療防止感染擴散。
如果新生兒爲早產兒、出生後體重低於2.5kg，或者存在病理性黃疸、新生兒肺炎、新生兒敗血症等疾病時，不建議在出生後立即接種卡介疫苗。
