先天性腦裂畸形目前沒有具體治療數據支持，但可通過提前預防來防止，或是藥物來改善症狀。
腦裂畸形是一種神經元移行異常引起的先天性疾病。其病因及發病機制不明，可能與在胎兒腦發育過程中神經母細胞瘤，不能由室管膜下向大腦皮質表面移行等原因有關。其臨牀可表現爲智力發育遲緩、腦性癱瘓等，常伴有癲癇發作。對於出現癲癇的患者，可表現爲各種不同類型的發作，且常常是藥物難以控制。
先天性腦裂畸形的預防，提倡妊娠期按時產檢，3D超聲檢查可在胚胎期早期發現腦裂畸形，通過終止妊娠，降低該病的發生率。患者還可靜脈注射神經節苷脂、乙酰谷酰胺等藥物，或是口服跑磷膽鹼鈉等藥物，來營養神經。建議懷孕期去正規醫院進行產檢，在醫生指導下進行藥物治療。
