打了人乳頭瘤病毒疫苗第三針，來月經一直不乾淨可能是生理因素導致的，也可能是病理因素導致的，如陰道炎、宮頸息肉等。具體分析如下：
一、生理因素
人乳頭瘤病毒疫苗主要是用於預防人乳頭瘤病毒感染所導致的宮頸癌，打了人乳頭瘤病毒疫苗第三針後來月經一直不乾淨，可能是人乳頭瘤病毒疫苗中所含有的藥物成分，對子宮部位產生刺激，但通常在短期內便能夠自行緩解。
二、病理因素
1、陰道炎
女性陰道部位通常具有一定的菌羣平衡，如果不甚受到外界病菌進入，可能會將平衡打破，引發陰道炎，使患者陰道部位在炎症因子刺激下產生上述症狀，可以遵醫囑使用甲硝唑栓、替硝唑片等藥物。
2、宮頸息肉
激素水平失衡、宮頸管阻塞、炎症長期刺激等都可能誘發宮頸息肉，使患者宮頸口處產生侷限性贅生物，造成黏膜損傷，導致該症狀。可以到正規醫療機構，通過息肉切除術進行治療。
除此之外，打了人乳頭瘤病毒疫苗第三針來月經一直不乾淨可能是宮頸炎、子宮內膜炎、子宮內膜息肉等導致的。建議在進行治療期間忌菸忌酒。
