胚囊移植是將胚胎在實驗室中培育到胚囊階段，通常胚胎在達到胚囊階段後都會孵化。大部分醫院在第三天進行胚胎移植。在特定情況下，醫生將胚胎培養至胚囊階段，然後再移植到子宮中。那麼，試管嬰兒中爲什麼要選擇囊胚移植呢？
首先，胚胎在囊胚期有(第5或6天)被移植進入子宮，是更符合人體的生理情況的。
自然受孕時，胚胎受孕後第4天，就要開始從輸卵管向子宮跑了。在6-7天植入，那時候子宮提供了一個富有營養的子宮內膜，相當於給初來乍到的胚胎寶寶準備了溫暖的小窩，吸引寶寶在子宮裏安頓下來。
所以移植的囊胚能留下來的機會變得更高。若是第3天的卵裂期胚胎突然闖入了，還沒準備好的子宮可能會有些壓力，也許會使胚胎種植潛能降低一些。
其次，能發育到囊胚的胚胎都更“優秀”。
第3天看起來還算“俊俏”的卵裂期胚胎，其實有不少是一些染色體異常或嵌合型的胚胎。對染色體異常的胚胎，子宮會拒絕它們種植，所以這些“歪瓜裂棗”的胚胎會有80%-90%的機會種植失敗。當然，到第5或6天的囊胚培養不能完全杜絕這些“歪瓜裂棗”的胚胎混進去，但至少可以篩選掉一些。
有研究證實，在大於36歲的婦女病患羣體中，囊胚培養可讓D3中59%的染色體異常率降低到D5的35%。這也說明了囊胚種植潛能不僅較高，而且能轉化成較高的活產率。這樣，生出一個健康寶寶的夢就更接近了。
最後，囊胚移植的高種植率和活產率使得醫生和患者更願意選擇單胚胎移植，在累積妊娠率不降低的情況下，極大地降低了多胎率和多胎帶來的孕期和圍產期的風險。多胎妊娠對孕婦和胎兒都是一個負擔，妊娠期心臟病、羊水栓塞、子癇前期、妊娠期糖尿病和產後出血的發生率都會升高。
總之，囊胚移植既可以增加懷孕的機率，同時降低多胎妊娠的風險，這樣只需轉移一個囊胚就能達到可接受的妊娠率。然而，也還有個別臨牀情況可能會導致建議轉移兩個以上的囊胚。因此，關於移植的胚胎數量的最終決定仍將是移植當天患者和醫生之間的共同決定。
