衛生資源空間佈局不合理是目前本市衛生事業存在的主要問題。截至2015年底，城市核心區、拓展區分別佔全市常住人口的10.1%、49.0%。但全市90家三級醫院(不含駐京部隊醫院和武警醫院)分佈在覈心區的佔25.8%，城市拓展區佔44.9%，兩個區域佔全市三級醫院資源的70.7%。空間分佈不合理，不利於實現衛生服務的公平性和可及性，加劇了中心城區人口密集、交通擁堵、環境壓力大等社會問題。
與此同時，外地患者的大量進入，導致本市醫療服務供需矛盾更加突出。2015年，外地患者已經佔到本市三級醫院(含301醫院及火箭軍總醫院兩家部隊醫院)及遠郊區11家區域醫療中心門急診診療總人次的28.8%，其中河北患者佔全部外地進京患者的25.6%;全市二級及以上醫療機構(不含駐京部隊醫院和武警醫院)出院患者中，外地患者比例爲31.6%，其中河北患者佔外地進京出院患者的27.3%。
“十三五”期間，首都功能核心區不再批准建立設置牀位的醫療機構，不再批准增加醫療機構牀位和建設規模。五環路以內禁止新建綜合性醫療機構，不再批准增加政府辦綜合性醫療機構牀位總量。嚴格控制大醫院規模擴張，嚴禁新增單體規模超過1500張牀位的公立醫院，合理控制部分公立專科醫院的牀位規模。城市核心區實現疏解三級醫療機構牀位2000張以上。
建成天壇醫院、朝陽醫院、同仁醫院等新院區，推進友誼醫院、市中醫醫院、市口腔醫院等新院區建設，啓動北京兒童醫院、北京婦產醫院、北京市疾控中心、北京衛生職業學院等新址勘選工作。
“十三五”時期，推動北京安貞醫院通州院區、北京友誼醫院託管通州新華醫院、東直門醫院通州院區、首都兒科研究所通州院區等項目建設。鼓勵社會力量參與北京城市副中心衛生計生事業發展，將北京城市副中心打造成衛生計生改革發展示範區。加強與河北、天津接壤地區機構的分工協作，努力緩解京外患者對核心區醫療服務供給的壓力。
