1.無輻射損傷；2.軟組織分辨率高，更清晰顯示腦灰白質、神經核團、腎臟皮質等。
3.可以多參數成像，提供更多信息。
4.無骨僞影，對於小腦、腦幹及椎管內病變明顯優於CT。
5.無需對比劑即可進行心臟和血管成像。
6.可以多方位直接成像，CT在大多數部位僅能進行橫斷面成像，其他圖像必須經過後處理重建獲得。
磁共振可以進行任意斷面成像，有助於解剖結構和病變的顯示，對於椎管內病變、心臟病變尤爲重要。
