心臟核磁共振主要應用於檢查心肌病變、各種大血管疾病、心包疾病、心臟瓣膜病和心臟腫瘤，還常用於心功能的測定。
心臟核磁共振是一種無創成像技術，是目前用於評估心臟結構、功能的金標準，可以通過流動的血液和心臟血管壁之間的對比關係形成核磁共振成像，是對患者心臟結構和功能的比較精確的定量檢測，具有良好的軟組織對比分辨率，掃描視野大，可獲各個方位及不同角度的斜斷面圖像，能較清楚、客觀地反映室腔大小、室壁厚度、室壁運動狀態、心臟射血分數等，較其他檢查更準確。另外，核磁共振對心肌病變的性質、心肌灌注情況也可以作出相應的評價。心臟核磁共振對於心室肌肥厚等心肌病變、主動脈夾層等大血管疾病、縮窄性心包炎等心包疾病、心臟瓣膜病以及心臟腫瘤都有很好的檢測效果，也常應用於體檢時心功能的測定。
需要注意的是，體內有心臟起搏器、體內有大塊金屬、心力衰竭、嚴重心律不齊、眼球內金屬異物、不能保持靜止不動的患者是不能做心臟核磁共振的，早期妊娠三個月以內的婦女也應該避免進行心臟核磁共振的檢查。
