口腔潰瘍疼痛明顯影響進食和語言，治療方針以消除病因、增強體質、對症治療爲主。治療方法應堅持全身治療和局部治療相結合，中西醫治療相結合，生理和心理治療相結合。可以口服維生素B、C，可以增進機體抵抗力，有助於潰瘍癒合，疼痛明顯、潰瘍較多、間歇期較短的，可使用左旋咪唑、轉移因子或胸腺素等免疫調節藥物治療。
也可使用糖皮質激素，如強的鬆治療，藥物治療用5%金黴素、魚肝油糊劑、1%氫化可的鬆或強的鬆糊劑，中成藥如冰硼散、錫類散、養陰生津散等藥，防止繼發感染。對於大而深並且長期不癒合的潰瘍，應該警惕癌腫的可能性，需要做活檢，明確診斷。
