食管乳頭狀瘤可能會癌變，有一定的機率，但是不多，一旦發現這種疾病後，通過早期積極的治療，多數情況下預後良好。
食管乳頭狀瘤是食管的一種息肉狀良性腫瘤，這種疾病是臨牀上相對較爲少見的一種病變，發病率非常低。瘤體較小時選擇激光治療，瘤體較大時在內鏡下把瘤體摘除，一般就能達到治癒的目的，複發率非常低，所以積極治療是不會癌變的。不過若是不及時處理且反覆刺激，有可能會發生癌變。
一旦出現食管乳頭狀瘤繼發惡變情況後，在明確診斷並排除心肺功能異常，以及對周邊組織器官侵犯、遠處器官轉移等情況後，應限期內給予食管癌根治手術治療，並根據術後的具體病理分析給予輔助放化療、免疫藥物治療、中醫中藥治療等綜合性治療的方法，延長患者的生存週期。
