一般情況下，頭孢曲松鈉和頭孢噻肟鈉都是第三代頭孢菌素類抗生素，區別主要在於結構、功效、藥代動力學等方面。具體分析如下：
1、結構
頭孢曲松鈉和頭孢噻肟的化學結構相似，但頭孢噻肟鈉含N-甲基硫四氮唑側鏈，頭孢曲松鈉含N-甲硫三嗪環。
2、功效
頭孢噻肟鈉可用於敏感細菌所致的肺炎及其他下呼吸道感染、尿路感染、腦膜炎、敗血症、腹腔感染、盆腔感染、皮膚軟組織感染、生殖道感染、骨和關節感染等情況；可以作爲小兒腦膜炎的選用藥物。頭孢曲松鈉可用於敏感致病菌所致的下呼吸道感染、尿路、膽道感染，以及腹腔感染、盆腔感染、皮膚軟組織感染、骨和關節感染、敗血症、腦膜炎等及手術期感染預防，單劑可治療單純性淋病。
3、藥代動力學
頭孢噻肟鈉的半衰期約爲1小時左右，蛋白結合率較頭孢曲松鈉低，大部分經腎臟排泄，少量經膽汁排泄。頭孢曲松鈉的半衰期約爲8小時左右，蛋白結合率較頭孢噻肟鈉高，主要經腎臟及膽汁排泄。
除以上常見的區別外，它們的抗菌譜也存在着差別，頭孢曲松鈉比頭孢噻肟鈉的抗菌譜稍廣一些，應遵醫囑選擇合適的藥物。在使用這些藥物時，應該注意遵循醫生的指導，避免濫用和誤用，以免產生不良反應和耐藥性。
