睡醒後只有一個眼睛眨眼疼可能是異物，也可能是過敏、角膜炎等病理因素導致。
1、異物
當眼睛內進入灰塵或者是眼睫毛等異物時，異物與角膜相互摩擦之後所產生的。一般可通過使用生理鹽水將眼睛內的異物沖洗出來即可改善。
2、過敏
睡覺的時候如果一隻眼睛遭到蚊蟲叮咬後局部發生過敏反應時，也會出現睡醒後只有一個眼睛眨眼疼的情況。建議使用色甘酸鈉滴眼液、普拉洛芬滴眼液、奧洛他定滴眼液等藥物控制過敏。
2、角膜炎
當角膜受到病毒、細菌等病原菌感染之後，在炎症刺激下所引起的。建議遵醫囑局部使用左氧氟沙星滴眼液、紅黴素眼膏、妥布黴素滴眼液等藥物控制炎症改善症狀。
此外，還可能是急性閉角型青光眼等引起，具體需要到醫院完善檢查後進行治療。
