三個月寶寶一直搖頭可能是生理因素，也可能是過敏、缺鈣等病理因素導致，具體內容如下：
一、生理因素
由於三個月寶寶的神經系統正處於發育階段，神經行爲會在傳遞信息的過程中出現障礙，使神經興奮性升高，出現搖頭的現象。一般隨着年齡的逐漸增長會慢慢消失。
二、病理因素
1、過敏
如果對所穿的衣物、被褥材質過敏或者是進食不當等原因發生過敏反應時，會導致局部出現紅疹子，並伴隨瘙癢，所以會通過搖頭緩解不適。建議在醫生指導下服用鹽酸西替利嗪顆粒、氯雷他定顆粒、孟魯司特鈉咀嚼片等藥物控制過敏，改善症狀。
2、缺鈣
如果營養不均衡，體內缺乏鈣元素時，會導致神經興奮性升高，出現一直搖頭的現象。建議在醫生指導下服用醋酸鈣顆粒、碳酸鈣D3顆粒、維生素D2軟膠囊等藥物補充鈣元素，促進鈣吸收，改善症狀。
此外，還可能是自閉症譜系障礙、癲癇造成的，如果症狀長時間不能緩解時，需及時就醫診治，以免延誤病情。
