扁桃體肥大手術可能會有大出血的風險，可能會造成味覺障礙、牙齒損傷、瘢痕形成等後遺症。
一、風險
任何手術都有一定的風險，由於扁桃體的血液供應比較豐富，扁桃體肥大手術可能會出現大出血的風險。如果術中損傷動脈，可能會導致大出血，甚至出現失血性休克或窒息，建議患者在做完手術後，住院觀察幾天，相對比較安全。
二、後遺症
1、味覺障礙
進行手術時，會使用開口器的壓舌板壓迫在舌體表面，如果壓迫時間過長，可能導致舌體麻木、舌體感覺神經遲緩，就會造成味覺障礙，一般在休息一段時間後會逐漸恢復。
2、牙齒損傷
進行手術時，需要使用開口器將上下頜骨撐開，可能會損傷牙齒，導致牙齒鬆動、出血，嚴重者還可能導致牙齒脫落，患者可以按照醫生建議修復牙齒。
3、瘢痕形成
做扁桃體肥大手術後，可能會導致手術部位形成較多瘢痕，影響局部美觀，內側的瘢痕還可能會導致患者出現吞嚥困難的現象。患者可以在醫生指導下通過激光祛疤等方式進行治療。
患者應做好術後護理工作，保持傷口清潔，避免做劇烈運動，以免影響傷口恢復。
