1.不宜和青瓜(黃瓜)同食青瓜含有一種維生素C分解酶，會破壞其他蔬菜中的維生素C，番茄富含維生素C，如果二者一起食用，會達不到補充營養的效果。
2.服用肝素、雙香豆素等抗凝血藥物時不宜食番茄含維生素K較多，維生素K主要催化肝中凝血酶原以及凝血活素的合成。維生素K不足時，會使凝血時間延長造成皮下和肌肉出血。
3.空腹時不宜食用番茄含有大量可溶性收斂劑等成分，與胃酸發生反應，凝結成不溶解的塊狀物，容易引起胃腸脹滿、疼痛等不適症狀。
4.不宜食用未成熟的番茄青番茄含有生物鹼甙（龍葵鹼），食用後輕則口腔感到苦澀，重時還會有中毒現象。
5.不宜長久加熱烹製後食用長久加熱烹製後會失去原有的營養與味道。
6.服用新斯的明或加蘭他敏時禁食西紅柿是一種可果可蔬的食物，酸甜適口，營養豐富，含有豐富的維生素C及鈣、鐵、磷等礦物質，深受人們的喜愛。但是，西紅柿中含有大量的膠質、果質、棉膠酚等成分，這些物質很容易與胃酸發生化學反應，凝結成不溶性的塊狀物質，這些塊狀物質有可能把胃的出口堵住，使胃內的壓力升高，引起胃擴張，甚至產生劇烈的疼痛。因此，不宜空腹吃西紅柿。而在飯後吃西紅柿，胃酸與食物充分混合後，大大降低了胃酸的濃度，就不會結成硬塊了。
此外，未成熟的青西紅柿也不宜吃。因爲未成熟的西紅柿中，含有大量有毒的番茄鹼，人吃後會出現頭暈、噁心、嘔吐、流涎、乏力等中毒症狀。而在西紅柿成熟呈紅色後，番茄鹼的含量即大爲減少以至消失。
