長雙歧桿菌和短雙歧桿菌的區別主要在於功效不同、應用不同。
1、功效不同
長雙歧桿菌通常是腸道菌群中所含有的一種物質，能夠抑制腸道內部出現有害細菌，同時還可以加快胃腸道部位的蠕動速度，能夠有效的達到調整胃腸道的效果。但是隨著年齡的不斷增長，腸道部位的長雙歧桿菌的數量也會逐漸降低，有一部分老年患者容易引起便祕症狀，可能是由於腸道部位的長雙歧桿菌逐漸減少引起的。而短雙歧桿菌可以有效改善體內脂肪堆積的現象，能夠加快身體的代謝功能，從而達到減少體脂的效果。
2、應用不同
一般長雙歧桿菌經常被用於治療藥物。耳短雙歧桿菌比較廣泛應用於保健食品、飲料以及乳酸製品等。
當腸道部位出現菌群失調的情況下，有可能會引起腹瀉的症狀，建議及時遵醫囑服用含有常雙歧桿菌的藥物進行治療。
