主要是應該與一些與臨床表現相似的疾病相鑑別：
第一，要注意與右膈下膿腫鑑別。因為肝臟就位於右側的膈下，如果患者出現右上腹或者右側膈下的疼痛，伴著有發熱，應注意區分是由肝膿腫導致的，還是由膈下膿腫導致的。
第二，就是膽道的感染。因為肝臟膿腫的形成與肝內或者肝外膽管的膽系感染非常相似，主要通過影像學的檢檢視有沒有肝臟的膿腫病灶。
第三，就是要與一些肝臟的腫瘤性疾病相鑑別，尤其是肝癌等惡性腫瘤，發現肝的佔位性病變，要通過增強CT來進一步明確，以免把一些惡性腫瘤貽誤。
