按是否有病菌感染將腹瀉分為兩大類：一類為感染性腹瀉，另外一類為功能性腹瀉。感染性腹瀉顧名思義是指引起腹瀉的原因，為病菌和病毒。表現為急性胃腸炎或胃腸型感冒，常常有伴有腹瀉以外還有腹痛、腹脹以及發熱等症狀，需要化驗大便常規血常規來明確診斷，在確診後需要使用抗生素或抗病毒等藥物治療。
功能性腹瀉是指檢查並沒有細菌和病毒感染，病人以腹瀉為主，可能會伴有腹脹，一般不會出現發燒等症狀，在明確後使用益生菌等藥物來治療，主要是調節腸道菌羣和補充消化酶。
